大まかにいうと

・転職エージェントは担当のアドバイザーがついて、あなたの希望を聞いて求人を選んで送ってもらえる。またその後の応募から面接まで、エージェントのアドバイザーを通してフォローを受けながら、転職活動を進めていく
・転職サイトは、自分でサイト内にある求人を見て、自力で応募を進めていく

というちがいになります。