結論から申し上げますと、細かい部分で違いはありますが大きな違いはありません。
ですので、馬力さえ合っていればどちらを選ばれても問題はありません。

設置する場所が10坪であれば、基本的には3馬力のものをおすすめしていますが、もちろん、同じ広さでもその部屋の構造やエアコン設置場所、使用用途などにより、どちらを設置したほうが良いのかは変わってきます。