有機農作物の定義で「化学的に合成された肥料および農薬の使用を避ける」とあるため「オーガニック＝無農薬」という認識を持たれやすいのですが有機認定される栽培方法の中で農薬の使用自体は認められています。同じ働きをする農薬でも、天然原料によるものはOKで化学合成されたものはNGという考え方です。微生物を有効成分とする殺菌剤など、「有機」表示のできる農薬が指定されています。