お寺が管理している納骨堂の場合、そのお寺の宗教に準じることがあります。
民間の霊園などが運営している納骨堂であれば、宗派不問のことがほとんどです。

また、お寺が管理している施設の場合、壇家にならなければならないのかどうかも
大きなチェックポイントですね。
入壇することになれば、その分費用もプラスされます。