この制度は控除（減税）という名前から、自動的に税金が減らされるように思われている方が多いのですが、ここが落とし穴で、税金は通常通り徴収されます。
一旦徴収された後、確定申告をすることによって控除対象となり、過払いという扱いで還付されます。