通信制高校の卒業証明書には、高校名は記載されますが通信制過程であることなどは一切記載されません。つまり、一般入試の時点で通信制高校出身であることが大学側に知られることはなく、不利となることもありません。
また、指定校推薦の枠は学校により差が有りますが、大学が募集するAO入試や推薦での受験は、全日制同様に可能です。