注文住宅は建物とは別に土地を探さなくてはいけなくなります。
建物や諸経費（工事費含む）にかける費用が大きくなるので、土地にはあまりコストをかけられなくなり、立地が悪くなるのは大きなデメリットの一つです。

出典 建売・注文住宅のメリット・デメリット _ 失敗しない為に知っておきたい新築ノウハウブログ【イエノウ】