最大のデメリットは【ファクタリング手数料が高くなる】ことです。
　
3社間であれば売掛先からファクタリング会社へ支払いが行われますが、2社間だと依頼主に売掛金が入金されます。
・もし使い込まれたら？
・もし倒産したら？
そうなったら売買債権の買取金は先に支払っているのに回収することができなくなる。
　
事前に審査に受かってファクタリング契約を結ぶのですが、そのリスクを手数料として上乗せするんですね。