3社間ファクタリングによるデメリットのひとつは、経営状態を危惧される可能性があること。

出典 3社間ファクタリングのデメリット/ファクタリング売掛債権資金調達ガイド

ファクタリングを利用する前に売掛先へ説明をするなどで、誤解を回避することは可能です。
　
それでも不安な場合は2社間でファクタリング契約を結ぶこともできます。