サヴァン症候群は、病態の正体が掴めないものの、脳の欠損や障害によって発症する可能性が高く、自閉症患者、知的障害者、脳損傷患者との関連性が強い。
自閉症患者の10人に1人、知的障害者と脳損傷患者の2000人に1人がかかる事実は分かっている。
発症率は自閉症と同様、男性が女性の数倍高い。