オンプレミスのシステムは、初期費用が高額である代わりに月額費用がかかりません。自社内でマイナンバー情報の管理体制を構築することができる場合や、グループ会社を統合して自社内で管理する場合に適しています。
クラウドのシステムは、毎月費用がかかりますが初期費用が少なく、低額でマイナンバーの管理をすることができます。また震災時の対応も、サービス提供者が適切な対応を行ってくれるというメリットがあります。