、経費は税金の控除対象にできるので、経費を払うことによって、会社として払う税金を少なくできるからです。

ざっくりとですが、以下のように理解しておくと良いでしょう。

・経費になる = 税金が少なくて済む
・経費にならない = 税金が少なくならない

つまり、経費として計上することで、節税につながるということです。
社会人になると良く耳にする「経費で落とす」は、こういうメリットがあるからといえるでしょう。