違う条件で見積もりを作成すれば、違う金額になるのは当然で、比較できなくなってしまいます。
単純に見積金額の総額の多寡だけを比べて即断してはいけません。
見積もりの前提となっている工事の内容や部材が違えば、金額が違うのも当然です。見積もりの中身をよく見て、わからないところはリフォーム会社に確認して同じベースに合わせて比較しましょう。