大抵の場合手数料は銀行の方が安いのですが、銀行は手数料が安い分、手形割引の枠を企業毎に定めていたり、手形割引を受けたい企業自体の与信を見る傾向もあります。

また銀行は手形割引事業者よりも審査に時間がかかる事が多いです。すぐに手形を現金化したいという場合は手形割引業者に頼んだ方が良いでしょう。