従業員数の比較的少ない中小企業の場合には、マイナンバーを紙のみで管理するのが無難で良いと思います。

例えば、下記の様に、従業員にマイナンバーを記載してもらい、通知カードのコピーと一緒に封筒に入れて保管しておくというシンプルな方法もあります。