もともとは江戸時代に信濃高遠藩内藤家の下屋敷のあった敷地である。 1879年（明治12年）に新宿植物御苑が開設され、宮内省（現在の宮内庁）の管理するところとなったが、第二次世界大戦後は一般に公開され、現在は環境省管轄の国民公園として親しまれている。