スピルリナは食品であるため基本的に副作用は無いと言われていますが、好転反応と言われる副作用のような症状が出る事があると言われています。

好転反応とは英語で「クレンジング・リアクション（浄化作用）」と言われ、「治療の過程で一時的に起こる身体反応の事」になります。

例えば、体内から毒素が排出される反動で便の色が変わる言った症状が好転反応にあたると言われています。