胃や小腸で消化された食物は、水分の多いどろどろの液状となって大腸に入り、ゆっくりと水分が吸収されて固形化（便塊化）し、肛門へと送られます。もし便塊が何日も大腸内にあると、水分吸収はさらに進み、便塊は硬く小さくなります。

腸の動きは、自律神経に支配されています。便を体外に送り出すためのぜん動運動（＝腸のくびれが肛門方向に伝わっていくこと）は、胃に食物が入ると指令（＝胃・結腸反射）が出て始まります。そして、便が直腸に達すると大脳に指令が送られ、便意をもよおします（＝排便反射）。ストレスにさらされると、自律神経がうまくはたらかないため正常な腸のぜん動運動が起こらず、便が滞って便秘につながることがあります。