カスタムしたバイクの場合、純正パーツがないと相場より安くなりがちです。
特に買取り業者に依頼する場合は要注意。
少なくとも純正パーツを揃えておいて、「純正に戻そうとすれば戻せる状態」にしておきましょう。
手間を惜しまないのであればカスタムパーツは外して単体でネットオークションで売り、バイク本体は純正に戻して売るのが高く売れるコツです。