違法です。
俸制を採用しているとしても強行法規にあたる労働基準法に則り、
その旨の説明を受けていたとしても、そのルールは、原則、無効に。

但し、「年俸制」と「定額残業代制」を複合的に採用している場合には注意が必要。
具体的には、「年俸額に○○○時間分の定額残業代を含む」というようなルールが定められている場合、その定額残業代（残業時間）を差し引いた分のみを請求できるということになります。