建前上、残業を発生させたくないために、
定時に退勤させ、自宅で業務（残業）するよう指示する会社

逆説すれば、「上司の指示による自宅業務であったこと」や
「上司の許可を得たうえでの自宅業務であったこと」、
「どうしても自宅業務しなければならなかったこと」を立証しなければならないということになりますが、この立証は難易度が高いものとなります。

残業しなければならないのであれば、自宅に持ち帰らず会社内で行うことを奨めますが、どうしても自宅業務を行う場合には、未払い残業代の請求には証拠が必要です。