実際は打刻後に残業をする（させる）ことが判っているのに、
とりあえず定時にタイムカードに打刻させる会社

非常に悪質、且つ違法です。
風土や慣習によって会社全体でこのような違法行為が蔓延しているのであれば、あなたひとりだけが残業後の実際の退勤時刻に打刻するということは難しいかもしれません。
その場合、残業後の実際の退勤時刻を証する記録を残しておきましょう。