「採用時に残業代が出ないことを説明した」
「残業代が出ない旨を記載した雇用契約を締結している」
などという理由で、残業代を支払わない会社

当然ながら、違法です。
残業代の支払いを定めている労働基準法は「強行法規」ですので、例え「うちの会社は残業代は出ない」というルールが定められていたとしても、その旨の雇用契約書を締結していたとしても、その旨の説明を受けていたとしても、そのルールは、原則、無効になる。