海外ホテル予約に強いのは海外の会社が母体となっている予約サイトです。
国内代理店や、大手予約サイトでは海外ホテル予約に強くない場合が多いです。

ここは実は国内サイトも安く予約できたりします。

以下の予約サイトを一気に検索してくれるので楽です。
Accorhotels.com
Hotel Club
Accommodationz.com
Hotels.com
Agoda
Hotel.info
AsiaRooms.com
HotelPlanner
BookinHotels.com
HRS.com
Booking.com
Hotels-Search-Engine.org
bookdirectrooms.com
Hotel Combined
ChoiceHotels
H trire
CheapStay.com
InterContinental.com
CTrip.com
KAYAK
CrownePlaza
lastminute.com
Easyclicktravel
Laterooms
Easytobook
Mobissimo
Expedia Travel
NeedItNow.com
ebookers.com
Octppastravel
Fastbooking.com
Orbitz.com
Global Hotel Index
Otel.com
Gtahotels.com
Reservetravel
getaroom.com
RoamFree.com
Hotel-Board.com
Skoosh
HotelsChart.com
travelocity
Hotel Mall
HotelBook
各ホテルグループ公式サイト

どちらも大手ですが同じところが運営していると考えてよいです。そのため価格も同じになります。
*Expedia
数泊する場合に、ホテルの合計料金だけでなく日ごとの料金と空き状況が確認できるので便利。

*hotels
割引クーポンが出ていることが多いので、エクスペディアで検索してホテルが決まったらホテルズでクーポンを使って予約すると良いでしょう。