注文住宅の最大のメリットは、自由度が高い点にあります。建売住宅はすでに完成してしまっているため、家族の好みを住宅に反映することは難しいでしょう。一方、注文住宅は希望を形にすることができるため、間取りや外観、仕様といったすべての事柄において自由度が高いといえるでしょう。部屋の間取りや広さ、キッチンの設備、高い耐震性など、住宅を新築するときにはたくさんの希望があるものです。これらの希望に関しては、よほどの無茶をいわなければ予算が許す限り実現可能といえます。

見積書をもらって以上の点を確認したら予算調整を始めてみましょう。
大幅な設計変更をしない限り構造など安心安全にかかわる部分の費用はほぼ削れませんので、ひとまず受け入れましょう。
先ほどお話しした「特殊な費用」も基本的には同じですが、例えば準防火地域の防火戸などは窓の数を減らしたりサイズを小さくするといった調整方法もありますので相談してみるといいでしょう。
あとは自分たちの要望に優先順位をつけながら、設計士と相談を進めてください。