見積書をもらって以上の点を確認したら予算調整を始めてみましょう。
大幅な設計変更をしない限り構造など安心安全にかかわる部分の費用はほぼ削れませんので、ひとまず受け入れましょう。
先ほどお話しした「特殊な費用」も基本的には同じですが、例えば準防火地域の防火戸などは窓の数を減らしたりサイズを小さくするといった調整方法もありますので相談してみるといいでしょう。
あとは自分たちの要望に優先順位をつけながら、設計士と相談を進めてください。