水道局指定工事店は各自治体から水道工事を適正に行えると認定され「水道工事をしてもいいですよ」と許可を受けた業者です。つまり、水道局指定工事店でないということは、水道工事の許可を受けていない業者ということになります。

許可が不要な作業（パッキンの交換など）もありますが、許可が必要な作業を水道局指定工事店でない業者が行った場合は違法ということになります。

水道局指定工事店に依頼して万が一手抜き工事や高額請求などでトラブルが起きた場合は各自治体に相談できますが、水道局指定工事店でない場合はトラブルに対応してくれません。

また、漏水トラブルでは水道料金の減免を申請できる制度がありますが、その際に必要な証明書（漏水証明）は水道局指定工事店でないと発行できません。