荒木剛太（藤ヶ谷太輔）は、荒れた生徒を力による恐怖で制圧することを許された特別教師“仮面ティーチャー”である。

剛太の新しい赴任先は、華空学院高校。初日とあって空回り気味の剛太だったが、英語教師・美樹(大政絢)と出会い、幸先の良さに顔がほころぶ。
そんな剛太を待っていたのは、問題児ばかりが集められた２年Ｃ組。担任として生徒に歩み寄ろうとする剛太に対し、聞く耳をもたない生徒たち。２年Ｃ組はＭ４(エムフォー)と呼ばれる、獅子丸(岸優太)、ボン(京本大我)、コータロー(前田公輝)、リョータ(栁俊太郎)と、彼らを束ねる最強リーダー・金造(菊池風磨)によって牛耳られていた。案の定、剛太は初日からボコボコにされるが、なぜか反撃しようとしない。
そんな中、ボンが金を賭けて友人同士を殴り合わせる「デスマッチイベント」を開催すると知った剛太は――。

剛太（藤ヶ谷太輔）は、Ｍ４の一人・ボン(京本大我)と接したことで、暴力ではない力で学校を変えると決意を新たにする。
一方、仮面ティーチャーが登場したことで、校内は騒然。教師たちはＭ４ら問題児が一掃されるのではと、その存在に期待を寄せる。その状況に苛立ちを隠せないコータロー(前田公輝)は、手下の集団・マッドマックスに指示し、「仮面ティーチャー狩り」に乗り出した。だが、コータローの恐怖と力でねじ伏せるやり方に嫌気が差したマッドマックスは、命令に対して反逆を始める。さらに、金造(菊池風磨)に制止されたことで頭に血が上ったコータローは、仮面ティーチャーをおびき出すべく美樹(大政絢)を狙うが…。

暴走するコータロー(前田公輝)を、暴力を使わずに制した剛太(藤ヶ谷太輔)。そんな剛太の前に、２年C組の生徒の一人・草薙圭吾(ジェシー)が現れる。“仮面ティーチャー法”について詳しい素振りを見せ、「仮面ティーチャー」の正体が分かれば一番に剛太に教えると不敵に笑う草薙。
一方、２年C組ではコータローが体中包帯姿で登校してくる。ボン(京本大我)からコータローの手下であるマッドマックスの仕業だと告げられた剛太は、暴力に反撃しなかったコータローの心の変化に気づく。
そんな中、美樹(大政絢)は街中で、リョータ(栁俊太郎)が人を襲って財布を強奪する場面に遭遇してしまう。

小林十兵衛(六平直政)がリョータ(栁俊太郎)に襲われた。その場所に突如現れ、圧倒的な強さでリョータを一蹴した黒い仮面ティーチャーの姿を目撃した小林は唖然とする。
病院へ見舞いに訪れた剛太(藤ヶ谷太輔)は、小林からもう一人の仮面ティーチャーの存在を教えられ、校長・菅原(志賀廣太郎)に真偽を確かめることに。そして、暴力によって制圧され、別人のように変貌してしまったリョータを救うと誓う。
やがて、ボン(京本大我）からリョータの意外な過去を聞いた剛太は、美樹(大政絢)にある相談を持ちかけた。そんな矢先、リョータが何者かに連れ去られ…。

体を張ってリョータ(栁俊太郎)を救った剛太(藤ヶ谷太輔)。美樹(大政絢)は感心しきりだが、剛太はかつて救えなかった生徒・小林翔平(神永圭佑)のことを思い苦悩する。
学校では、仮面ティーチャーの活躍に称賛の声が高まっていた。一方で、金造(菊池風磨)は M４のメンバーが仮面ティーチャーに牙を抜かれたと憤慨。獅子丸(岸優太)は、金造のために「仮面ティーチャーが誰か名乗り出るまで毎晩一人ずつ教師を狩る」と宣言する。金造と獅子丸が頑なに大人に屈しない背景には、秘められた過去があった。
ある夜、教師を狙う獅子丸を仮面ティーチャーとなった剛太が制止する。だが、そこに黒い仮面ティーチャーが現れて…。

獅子丸(岸優太)を傷つけられたことに激怒した金造(菊池風磨)が、仮面ティーチャーを捜して男性教師を襲い始めた。金造の暴走を食い止めようとする剛太(藤ヶ谷太輔)の前に、またも黒い仮面ティーチャーが現れる。
憎悪を力に変える金造の攻撃を、圧倒的なパワーで打ちのめす黒い仮面ティーチャー。だが、さらに追い打ちをかけようとしたその時、銀の仮面ティーチャーが黒い仮面ティーチャーの前に立ちはだかり…。
剛太は校長の菅原(志賀廣太郎)に、もう一人の仮面ティーチャーの解任を要求。そんな中、金造がバイト先の建設現場で金を盗んだという連絡を受けた剛太は、金造の元へ急ぐ。

剛太(藤ヶ谷太輔)は、度々姿を現す黒い仮面ティーチャーの正体が気になっていた。そして、暴力で生徒を制圧する黒い仮面ティーチャーの横暴を止める決意を固める。
その頃２年C組では、加奈子(竹富聖花)の机が紛失する事件が発生。加奈子は、クラスの女子生徒たちの仕業だと詰め寄るが、教師の遠山周作(山田親太朗)は見てみぬふりをする。授業中も加奈子へのイヤがらせが続く中、加奈子を救ったのは草薙(ジェシー)だった。
時を同じくして剛太は、美樹(大政絢)から草薙の母親が教師だったことを聞かされた。さらに、母親の死が彼の心に暗い影を落としていると知る。

草薙(ジェシー)の冷めた態度が気にいらないクラスメートの麻美(中村有沙)たちが、草薙の自宅から弟・裕也(金田耀生)をさらった。手出しできない草薙を煽り、退学に追い込もうと画策する麻美たち。その夜、草薙が校内を荒らしたことが学校で問題になり、校長の菅原(志賀廣太郎)は頭を悩ませる。剛太(藤ヶ谷太輔)と美樹(大政絢)は、亡き母親が悲しむと草薙を諭すが、草薙の口からは意外な言葉が語られた。
草薙の豹変ぶりに戸惑う剛太(藤ヶ谷太輔)。そんな折、剛太はボン(京本大我)から、裕也が２年C組の生徒と一緒にいるところを目撃したと教えられ…。

剛太(藤ヶ谷太輔)を慕っている小林佐恵子(山本舞香)が、剛太が仮面ティーチャーであることを知ってしまう。兄・翔平(神永圭佑)が仮面ティーチャーのせいで亡くなったと思っている佐恵子は、複雑な思いを抱え剛太を拒絶する。
そんな折、剛太は校長の菅原(志賀廣太郎)から、仮面ティーチャーの解任を告げられた。華空学院高校はもう一人の仮面ティーチャーである草薙(ジェシー)に任せるという決断に呆然とする剛太。一方、黒い仮面ティーチャーに力で制圧され、大人しくなったように思えた２－Cの麻美(中村有沙)たち。だが、遊び半分で金儲けをしようとしたことで、思わぬトラブルに巻き込まれる。

２－Cに、岬智也(菊田大輔)が帰ってきた。「もう俺は前の俺じゃない」と微笑む岬に、金造(菊池風磨)と獅子丸(岸優太)は違和感を覚える。岬はかつてM４のメンバーで、暴力事件によって無期停学になっていたのだった。
校長の菅原(志賀廣太郎)をはじめ教師たちが不安がる中、剛太(藤ヶ谷太輔)は生徒を信じたいと熱く説得。菅原は、何か起きれば草薙(ジェシー)と二人で対処するよう依頼する。
その頃、街でコータロー(前田公輝)の仲間・マッドマックスのメンバーが襲われる。銀と黒の仮面を着けた二人組が目撃されたことで、生徒たちの間では次第に仮面ティーチャーへの不信感が募り…。

華空学院高校の不良たちを襲ったニセモノの仮面ティーチャーの正体は、人狼兄弟と呼ばれる不良の二人組だった。驚異的な強さを見せる人狼兄弟に、草薙(ジェシー)さえも打ちのめされてしまう…。
一方、剛太(藤ヶ谷太輔)は、人狼兄弟に奪われたはずの黒い仮面ティーチャーのコートを岬智也(菊田大輔)が手にしている姿を見て愕然。岬は「生徒のために仮面ティーチャーを倒した」という触れ込みで、一気に不良たちの支持を集めていく。
さらに、２－Cの生徒たちも岬側に付き、授業をボイコットし始めた。金造(菊池風磨)と獅子丸(岸優太)は、過去に岬が起こした暴力事件の真相を剛太に語り始める。

人狼兄弟（兄：町田啓太、弟：野替愁平）は「暴れることを許されている」と言い放ち、岬智也(菊田大輔)の制止を振り切ってさらに暴走し始めた。応戦する金造（菊池風磨）とM4だったが、凄まじい強さを見せ付ける人狼兄弟に成すすべがない。
剛太(藤ヶ谷太輔)と草薙(ジェシー)も仮面ティーチャーとして生徒を守ろうとするが、戦いは熾烈を極める。そんな中、人狼兄弟の攻撃に苦戦を強いられながらも戦う仮面ティーチャーの姿を見ていた不良生徒たちに、ある思いが芽生え…。