夫婦で宗教が違う場合、よく話し合うことが大事です。
夫婦どちらかの宗教に合わせてお墓に入ることもできるし、夫婦どちらも宗教を譲れなければそれぞれにお墓を建てるという方法もあります。

霊園によっては宗教を問わないところもあるので、夫婦で話し合ってもどちらの宗教に合わせるか決まらないときには霊園を選ぶと良いのかもしれません。
最近の霊園は、宗教自由でどの宗教でも制限がないところも出てきましたが、基本的には仏教で、仏教の宗派は問わないというスタンスの霊園もまだまだ多いです。
自分達の宗教と霊園の宗教に対する対応を照らし合わせて見てみる必要があります。

ただ、夫婦ともにどこかの寺院の檀家に入りたいという希望がある場合はお墓を別にするしか方法はありません。
寺院の檀家に入るということは、その宗教・宗派の信者であるということになりますので、宗教・宗派が違うと檀家にはなれないのです。

しかも、檀家に入り、その寺院の墓地にお墓を建てることになると、管理料などを継続して支払わなくてはならなくなります。
管理料が払えなくなると、無縁墓として整理されてしまいます。
つまり、お墓を建てるということは、誰かお墓の面倒を見てくれる人が必ず必要ということなのです。

お墓の面倒を見てくれる人がいない場合は、共同墓に入ることとなります。
身寄りがないので共同墓でもかまわないならいいのですが、宗教・宗派にこだわるあまりに面倒を見てくれる人がいなくなり、
共同墓になることに抵抗がある場合にはよく考えた方が良いでしょう。