2014年7月10日に2バージョン同時発売されたシリーズ第2弾。なお、ちょうど発売日が前作の1年後となっている。
今作は「元祖」「本家」という２バージョンを同時発売する形となった。
前作同様、夏休みの日常が舞台となっており、主人公が付けていた妖怪ウォッチが何者かの手によって奪われる所から始まる、妖怪ウォッチ誕生の秘密へ迫る物語。
新規妖怪にはオリジナルの他に、から傘お化け、河童、花子さんなどと言った有名な妖怪が多く追加された。
また、前作ではできなかったWi-Fi通信でのバトル、交換が出来るようになった。