中盤では、オーウェンとクレアが再会し、救助チームとして恐竜たちを助けるために結束します。しかし、救助ミッションが進むにつれて、彼らはこの作戦が単なる保護活動ではないことに気づきます。
オーウェンとクレアの再会、救助チームの結成
オーウェンは、かつての仲間クレアと再会し、再び恐竜たちの救助に挑みます。チームには新たなメンバーも加わり、緊迫感が増していきます。
イスラ・ヌブラル島での恐竜救出ミッション
火山の噴火が迫る中、恐竜たちを救うためのミッションが始まります。巨大なブラキオサウルスから、小型のヴェロキラプトルまで、さまざまな恐竜が救出の対象となりますが、その背後では別の計画が進行しています。
ミッションの裏に隠された陰謀
救助活動の背後には、恐竜たちを闇市場で売りさばこうとする陰謀が存在します。オーウェンたちはその事実に気付き、恐竜たちを商業目的で利用することに強く反対します。