『ジャスティスリーグ』の物語は、スーパーマンが死んだ後の世界が舞台です。地球は新たな脅威に晒され、バットマンを中心に新たなヒーローチームが結成されます。彼らの目的は、地球を守り、平和を取り戻すことです。

世界が脅威に直面する
スーパーマンがいない世界で、地球は新たな危機に直面します。強力なヴィランであるステッペンウルフが登場し、彼は地球を征服するために母箱（マザーボックス）と呼ばれる強力なアイテムを手に入れようとします。これに対抗するために、バットマンはヒーローチームを結成することを決意します。

ヒーローたちの集結
バットマンは、ワンダーウーマンと協力しながら、新たな仲間を集め始めます。彼らはフラッシュ、アクアマン、サイボーグといった強力なヒーローたちと力を合わせ、ステッペンウルフに立ち向かうための準備を進めます。彼らはそれぞれ異なる背景を持ち、最初はバラバラですが、次第に一つのチームとして結束していきます。個々のヒーローが抱える葛藤や成長が、物語の重要な要素となっています。