入学編：波乱の幕開け
達也と深雪が魔法科高校に入学することで物語が始まります。達也は「劣等生」として扱われるものの、その背後には国家機密に関わる大きな秘密が隠されています。入学早々、達也はその異能を発揮し、学校内で注目を集める存在となっていきます。

九校戦編：達也の実力が明らかに

続いて、魔法科高校の代表たちが参加する九校戦が描かれます。ここで、達也は「劣等生」でありながらも、その圧倒的な実力を発揮し、深雪と共に学校を勝利へと導きます。この大会での達也の活躍は、彼を一躍有名にし、物語の転機となります。

横浜騒乱編：テロとの戦い
横浜を舞台に、テロリストとの大規模な戦いが繰り広げられます。達也は、深雪や仲間たちと共にテロリストに立ち向かい、多くの命を救うことになります。この事件を通じて、達也の持つ秘密が徐々に明かされ、物語は新たなフェーズに突入します。

追憶編：二人の過去が明かされる
この編では、達也と深雪の過去に焦点が当たります。過去の出来事が彼らの現在の関係にどう影響を与えたのかが描かれ、読者は二人の絆の深さをより深く理解することができます。