1等と2等で異なるのは、飛行時の立入管理措置（補助者や看板の配置などによりドローンとは無関係な第三者の立ち入りを規制する措置）の必要性です。

2等資格では立入管理措置を講じないで特定飛行を行うことは認められませんが、1等資格では立入管理措置を講じなくても行えます。（ただし事前申請は必要です）

つまり、2等資格ではいかなる飛行方法であれ無人地帯でしかドローンを飛ばせない一方、1等資格を取得していれば有人地帯(第三者の人の上)でもドローンを飛行させられるのです。