医療用レーザーを毛に照射すると、毛の中にあるメラニン色素にレーザーのエネルギーが吸収され、熱を生じます。熱は毛の根元まで伝わり、毛を生み出す源である毛包（もうほう）にダメージを与えます。一言でいえば、レーザーを当てて毛包を焼いて壊してしまうのが医療用レーザー脱毛です。

メラニンは毛の周りの皮膚にも存在しているため、レーザー照射によって皮膚が局所的に熱せられ、多かれ少なかれ痛みが生じます。レーザーの出力エネルギーや照射時間、毛の周りの皮膚の状態によっては、皮膚が熱せられすぎてやけどしてしまうリスクも存在します。体の一部（毛包）を損傷し、その周りにも副作用が生じる危険があるため、医療用レーザー脱毛は医師にのみ許された施術となっているのです。