選挙では主に民主党と生活の党を支援してきた。沖縄での活動も目立つ。2010年（平成22年）の第22回参院選では、組織内候補の田城郁が比例区で民主党公認を受け、当選している。

一方で、民主党所属議員の枝野幸男らがJR総連より献金を受けている事を、民主党政権時代に野党であった自民党議員が追及していた[2]が、2011年（平成23年）2月10日の第177回国会での答弁にて枝野幸男（当時内閣官房長官）は「政治資金規正法に基づき適正に受領している」として返還する必要はないとの認識を明らかにした[9][10]。また、2011年（平成23年）2月8日には菅直人内閣総理大臣（当時）がJR総連より献金を受けていた事が棚橋泰文議員により指摘されている[11][12]。