革マル派と対立関係にある中核派や革労協主流派は、JR総連を「JR総連カクマル」（中核派の場合）、「JR総連革マル」（革労協の場合）と呼ぶなど、JR総連やJR東労組が革マル派と密接な関係にあることを当然視している。ただし、中核派は革マル派が2000年に「カクマル中央」（黒田派）と「JR総連カクマル」（松崎派）に分裂したとしており、革労協主流派は革マル派中央とJR総連の分離は偽装で両者は今でも一体であるとしている。しかし、JR総連側は関連性を否定している。

JR総連と革マル派との関係は、日本国外からも注視されている。韓国の民主労総傘下の韓国鉄道公社労組は、JR総連と共闘態勢を取っている。韓国の治安機関は、日本の過激派がJR総連経由で韓国に浸透するかもしれないと警戒している[7]。

JR総連およびJR東労組が、『週刊現代』の連載記事「テロリストに乗っ取られたJR東日本の真実」で名誉を傷付けられたとして、発行元の講談社などに損害賠償を求めた裁判で、最高裁判所は上告を棄却し、名誉棄損の成立を認めて講談社などに770万円の賠償を命じた週刊現代側敗訴の判決が確定した[8]。