規模が大きいと、情報として入れないといけない情報は増え、それを纏めたりどのターゲットにどのリンクをクリックしてもらうかのまとめ方が複雑になります。
そうなるとレイアウトもかなりの時間や労力を割きます。
打ち合わせも必要なのでその交通費や書類印刷などにもお金がかかります。

さらにややこしいのが高性能な機能の追加です。これは物によっては気が狂います。

などなど、場合を考えると何十人が何百時間もかけて作るサイトがあるので、その場合人件費だけでも数百万はいると思います。