まず、第一のデメリットは学校の勉強が遅れる点です。得意不得意や子によっては、そこまで影響が出ない科目もあります。

ただ学習をしない期間が長くなるほど、やはりテストなどの際は大変になります。（中学でいうと、個人にもよりますが、数学、英語は特に）

出典 不登校のメリット、デメリットを冷静に書きます。