１階部分のかなりのスペースを奪われてしまうことが一番先に挙げられるでしょう。
敷地を広く確保できれば問題も少なくなるでしょうが、通常１階に配置するのが当たり前のリビングやバスルーム、キッチンなどの場所を２階に上げるなど、思い切った方法を考えなくてはならないケースも出てくるはずです。