そもそも一定の手数料がかかります。

決済代行を委託するということは、さらにこの代行会社に代行手数料を支払うということにほかならず、コストが余計にかかってしまうのは間違いありません。顧客数が伸びなかったり、手数料が多くかかる決済方法を選ぶユーザーが少なかったりしたら、単純に利益が減少してしまいます。