A.ファクタリング業者は支払代行者として、貸倒リスクを背負うことになる。そのため、債務者とは契約に財務体質の悪化などの理由（ex.三期連続営業赤字や決済口座の預金額の減少など）で一方的に支払代行を解除できる条件を入れるのが一般的である。

B.債権者側は、自身のメインバンクとの間に、ファクタリングの割引率より低率な手形割引契約を結んでいた場合には、損をすることになる。相手先の与信力が高ければ、裏書手続きに手間がかからない手形の方に魅力を感じる場合もある。また、ファクタリング業者自体が破綻した場合に、債務者に支払を求めることが原則できない。

C.債務者側は、ファクタリング業者へ支払代行手数料を払っているが、通常、その金額は従来の手形の発行コストよりも高い。ファクタリング業者は貸倒を恐れ、金額を高く設定しているからである。