大腸は非常に長く、曲がりくねっている上、胃に比べて薄い壁で出来ています。また一部では固定されていない腸であるため、大腸への内視鏡挿入は一定以上の技量が要求されます。施設や医師によっては「こんなに苦しい検査はない！」と言われてしまう検査でもあります。
また、患者さん各自もお尻からカメラを入れることに対する不安は必ず持たれるものです。緊張が強ければ、おなかに力が入ってしまい、かえってカメラが入るのを苦痛に感じてしまいます。