ほとんどの納骨堂は宗教宗派を不問とするところが多いです。しかし、中には過去の宗教を問うところや、在来仏教のみ、つまりキリスト教やカトリック教はNGとされる場所があります。また稀に、檀家になる必要があるところもあります。たとえ宗旨宗派不問とうたっていても、お寺が運営する納骨堂の場合、納骨後の法要は、運営している寺院の宗派様式で行うところもありますので確認が必要です。