スキャナ＋読み取りソフトは、専用の機械を用意する必要がないため、初期投資が少なくすむでしょう。
しかし、OMRと比べて、読み取りスピードやスキャナの精度が劣ってしまいます。
そのため、学校の試験など正確性が求められる場面や短時間で読み取りを行いたい場合には、OMR方式の方が良いでしょう。