ファクタリングのデメリットの1つは手数料が高いという点です。手数料は2社間と3社間でも異なり、2社間なら買取売掛金額の10％～30％、3社間なら1％～5％です。

また、ファクタリングは売掛金が無いと資金調達ができないので、月商以上となる調達はできないというデメリットもあります。

3社間のファクタリングの場合は、ファクタリング会社と資金調達をしている利用会社、売掛先である取引先で取引をするので、取引先会社の承諾が求められます。

取引先が同意すれば問題ないですが、難色を示すこともあります。また、利用会社も取引先から資金繰りが苦しい会社とみなされ、今後の取引にマイナス影響が出る点もデメリットです。