納骨堂は宗教フリーであることが多いのが特徴です。
宗教フリーなら、特定の寺院が管理運営する納骨堂であっても、檀家にならずに契約できます。

ただ、なかには、管理寺院の檀家にならなければならないケースもありますから、まずは宗教自由かどうかを確かめましょう。