体にメスを入れるため、患者さんへの負担が大きく、傷の治癒に時間がかかり、痛みを伴うというデメリットもあります。また、切除により、臓器や体の機能の一部を失うこともあります。これらのデメリットを解消するために、切除する範囲をできるだけ最小限にとどめる方法や、内視鏡カメラを使用した手術が行われることがあります。