一般的な洗顔料には界面活性剤が含まれているものが多く、汚れや角質をはがして取り除きます。しかし、酵素洗顔は、はがして除去するのではなく、肌に溜まった汚れや角質、皮脂、角栓などを分解して取り除くという仕組みになっています。酵素洗顔には、タンパク質を分解するパパイン酵素や皮脂を分解する酵素が配合されています。毛穴の黒ずみの原因である角栓はたんぱく質でできています。一般的な洗顔料はタンパク質を分解することはできないため、タンパク質を分解する酵素洗顔は角栓を除去して毛穴の黒ずみ解消に効果があるとされています。角質や皮脂などを分解して取り除くことで、ザラツキやくすみのない肌にしてくれます。毛穴の汚れを解消することで、ニキビの予防にもなるという相乗効果もあります。