男性不妊症には、自然妊娠するのに精子の生成が不足している場合や、性機能障害などによって十分な精子を放出できない場合などがあります。
これらの原因となる既往症として、幼少期に発症しうる停留精巣や精索捻転、成人後に罹患しうる糖尿病や脊髄損傷、性感染症、精巣上体炎、ムンプス精巣炎のほか、癌治療として抗がん剤や放射線治療を行った場合などがあげられます。
また鼠径ヘルニアの手術や、避妊手術での精管結紮（パイプカット）を受けた場合、精巣癌などで後腹膜リンパ節郭清を行った場合なども、不妊原因となります。